Organisatie

FOPEM is een vereniging zonder winstoogmerk (vzw).

In de algemene vergadering zetelen twee gemandateerden per school, aangesloten bij FOPEM.

De raad van bestuur wordt door deze gemandateerden gekozen. Leerkrachten en ouders uit FOPEM-scholen en werknemers van FOPEM kunnen kandidaat-bestuursleden zijn. Ook personen, extern aan de organisatie, die door hun deskundigheid een meerwaarde betekenen voor het bestuur, kunnen zich kandidaat stellen. De algemene vergadering streeft ernaar om in het bestuur een gelijkwaardige vertegenwoordiging te hebben van ouders en personeelsleden. 

Ook scholengemeenschap SOM is een vzw.

De bij FOPEM aangesloten scholen krijgen de kans om toe te treden tot de scholengemeenschap SOM (Scholengemeenschap Onafhankelijke Methodescholen). Op die manier kunnen ook zij genieten van de voordelen van een scholengemeenschap. Doorgaans kan een nieuwe FOPEM-school na één schooljaar lid worden van de scholengemeenschap. Op die manier worden de FOPEM-scholen ook allemaal deel van de scholengemeenschap SOM.

Middelen

Beide vzw's krijgen middelen van de overheid. Sommige van die middelen worden verdeeld onder de scholen op basis van het aantal leerlingen. Dat is het geval met de zorg-enveloppe.

Aanvullend wordt FOPEM als vzw gefinancierd door de aangesloten scholen. Zij staan een heel klein deel van hun werkingsbudget af. SOM vzw kan rekenen op ondersteuning van FOPEM.

Medewerkers

De overheid kent de scholengemeenschap een voltijds coördinator en de koepel een deeltijds pedagogische begeleider toe. Verder worden er nog uren voor andere medewerkers gegenereerd door speciale stelsels en via samen legging door de aangesloten scholen.

De medewerkers van FOPEM vzw en SOM vzw, worden samen de kern genoemd. De kern zorgt voor de dagelijkse werking van beide verenigingen en is intern en extern het aanspreekpunt.